Pytanie:
Źródła surowych danych 1H-NMR?
soegaard
2013-12-03 00:57:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Gdzie można znaleźć przykłady surowych danych dla widma 1H-NMR?

Może to brzmieć dziwnie, więc podam kontekst.

Mam znalazłem wiele obrazów widm, takich jak to:

enter image description here

gdzie możesz zobaczyć obraz szczytów. Interesuje mnie arkusz kalkulacyjny zawierający wartości $ (x, y) $ używane do rysowania widma. Dane są potrzebne do projektu matematyczno-chemicznego ucznia (liceum). Część matematyczna będzie dotyczyła obliczania pola powierzchni pod krzywą metodami numerycznymi. Aby uzyskać połączenie z częścią chemiczną, chciałbym, aby uczeń użył realistycznych danych.

(Zdaję sobie sprawę, że interesujący jest stosunek powierzchni pików, więc faktyczne skalowanie osi y nie ma znaczenia.)

Wszelkie linki lub odniesienia są mile widziane - nie udało mi się znaleźć niczego w Google.
Niestety nie jest to łatwy problem do rozwiązania. Czy masz dostęp do programu Excel lub Mathematica?
Mam dostęp do obu.
Trzy odpowiedzi:
bobthechemist
2013-12-03 05:27:21 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mogę zasugerować napisanie krótkiego programu do symulacji widm. Problem z wykorzystaniem rzeczywistych danych polega na liczbie punktów (powyżej 32 tys.), Które powodują, że publikowanie plików CSV z surowymi widmami jest nieracjonalne. Poniżej znajduje się krótka próba podania tego, czego szukasz. Przepraszam tych, którzy nie używają Mathematica; jednak wypróbowałem wersję programu Excel i bardzo szybko stała się nieporęczna.

Mam trzy funkcje:

  Wyczyść [funkcja]; funkcja [shift_, n_, sprzęganie_, intensywność_] : = Moduł [{}, Plus @@ Tabela [Dwumian [n, k] * intensywność / (n + 1) * Cos [(x) * (przesunięcie + sprzężenie (k - n / 2))], {k, 0, n}]] Clear [fid] makefid [feature_, broadening_]: = Module [{}, Exp [-broadening x] Plus @@ {feature}] Clear [transform] transform [fid_]: = Module [{resolution = 4096, $ y, $ x}, $ y = Re [Fourier [Tabela [fid, {x, 0, rozdzielczość, 0,1}]]]; $ y = Take [$ y, Round [Length [$ y] / 2]]; $ x = zakres [długość [$ y]] / (rozdzielczość / (2 Pi)); Transpose @ {$ x, $ y}]  

Funkcja feature tworzy pik z przesunięciem chemicznym jako pierwszym argumentem, rozszczepieniem jako drugim, stała sprzężenia (użyj 0,1 dla starterów) i intensywność (jej całka). makefid tworzy symulowany FID na podstawie przekazywanej funkcji, a transform tworzy widmo. Można go użyć w następujący sposób:

  a = feature [1.2, 2, 0.1, 3]; b = feature [2, 0, 0.1, 3]; c = feature [4.1, 3 , 0,1, 2]; fid = makefid [Plus @@ {a, b, c}, 0,01]; ListLinePlot [transform [fid], PlotRange -> {{0, 5}, All}]  

Cechy {a, b, c} to symulowany octan etylu dający następujące widmo:

Mathematica graphics

Dane, które Want is in transform [fid] , który można wyeksportować jako plik CSV:

  Export ["myfile.csv", transform [fid]]  

Dzięki temu będzie dostępny dla innych pakietów oprogramowania i będziesz mógł wykonać swój plan lekcji matematyki. Aby upewnić się, że to działa poprawnie w Mathematica, możemy utworzyć funkcję z naszych danych i zintegrować numerycznie trzy piki:

  data = Interpolation [transform [fid]]; NIntegrate [data [ x], {x, 0.9, 1.5}] NIntegrate [data [x], {x, 1.5, 2.2}] NIntegrate [data [x], {x, 3.7, 4.5}]  

Daje to obszary odpowiednio 0,32, 0,25 i 0,33, a tego się spodziewaliśmy.

Dziękuję za twój kod Mathematica. Bardzo pouczające było zobaczenie, jak generuje się szczyty z cech.
long
2013-12-03 09:23:23 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Surowe dane NMR są zwykle przechowywane w zastrzeżonym formacie, który jest zależny od dostawcy, i chociaż większość oprogramowania do przetwarzania danych NMR może obsługiwać wiele formatów, nie jest prostym procesem przeniesienia danych do formatu xy do użytku z innym oprogramowaniem (Excel, Matlab, Origin itp.).

Jednakże, aby odpowiedzieć na Twoje pytanie:

Jest kilka witryn, w których można uzyskać dostęp do surowych danych 1H NMR.

Prawdopodobnie najbardziej użyteczna jest baza danych widmowych dla instruktorów, która zawiera niewielką bazę danych widm 1H, 13C i 2D dostępnych do pobrania. Dane są w formacie Bruker (fid, acqus dla 1D i ser acqus, acqu2s dla 2D). Ta strona zawiera przydatne informacje o tym, jak uzyskać dostęp do tych danych i jak je przetwarzać. To zupełnie inna kwestia!

Możesz przeszukać Chemspider; możesz mieć szczęście z dziwnym widmem lub dwoma, ale nie sądzę, aby to było warte wysiłku

Istnieje kilka starych źródeł danych NMR w formacie jcamp, które nadal istnieją. Jcamp był / jest uniwersalnym formatem danych zaproponowanym dla wielu źródeł danych (szeroko stosowany na przykład dla IR, UV). Wszystkie główne programy NMR mogą czytać i zapisywać w formacie jcamp, chociaż możesz napotkać problemy przy użyciu różnych wersji jcamp. Przykłady witryn z danymi jcamp: AcornNMR, Polymer Science Learning Center, JCamp test data na University of West Indies (z linkami do jcamp) to tylko niektóre. Prawdopodobnie możesz znaleźć w Google nmr jcamp, aby znaleźć więcej. Nie mogę ręczyć, że te dane są w domenie publicznej i pominąłem kilka baz danych, o których wiem, że nimi nie są.

Jeśli chcesz prawdziwych przykładów prawdziwych cząsteczek prowadzonych przez prawdziwych badaczy (a nie tylko w celach dydaktycznych), prawdopodobnie nie można pominąć badaczy otwartej nauki, takich jak projekt Open Source Malaria. Możesz skorzystać z linków do związków i zapisać surowe dane NMR.

Oczywiście wiele będzie zależeć od typów cząsteczek, dla których chcesz uzyskać dane, oraz od liczby potrzebnych struktur. Może być łatwiej skontaktować się z przyjaznym kierownikiem ośrodka NMR w pobliskim college'u lub uniwersytecie i bardzo ładnie poprosić o dane dotyczące niektórych prostych cząsteczek. Z przyjemnością udzielę dalszych informacji na ten temat, jeśli zajdzie taka potrzeba.

Gdy już będziesz mieć swoje dane, będziesz musiał mieć możliwość ich konwersji do formatu, który zrozumiesz. Ponownie, najlepsze podejście będzie zależało od tego, ile zestawów danych potrzebujesz i jak długo prawdopodobnie będziesz ich używać. Możesz pobrać wersje demonstracyjne oprogramowania do przetwarzania NMR, takie jak Mestrenova lub Spinworks, które powinno pozwolić na odczyt w formatach surowych danych i eksport w bardziej pożądanym formacie (ASCII X, y).

Dziękuję za przemyślaną odpowiedź. Znalazłem dane ze świata rzeczywistego w Spectral Database for Instructors. Gdybym mógł, zaakceptowałbym obie odpowiedzi.
Niestety wygląda na to, że „Spektralna baza danych dla instruktorów” została zamknięta? Porada, że ​​Mestrenova może zapisać dane, gdy współrzędne xy są na miejscu. Aby znaleźć pliki danych, można wyszukać w Google, powiedzmy, „plik fid aspiryny”.
Rui Krause
2019-12-11 22:41:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

To jest stary wątek, ale Open Spectral Database osdb.info zaczyna mieć kilka ładnych widm dostępnych do pobrania w kilku formatach.

Dzięki za wskazówkę.


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...