Pytanie:
Why does the SCF not converge in a structure optimization with GAMESS of the thiourea molecule at the PM6 level of theory?
Mark
2019-07-11 19:42:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Używam GAMESS, aby uruchomić optymalizację geometrii na cząsteczce tiomocznika, używając PM6. Jednak plik wyjściowy nadal wyświetla komunikat o błędzie „BRAK POLA SIŁY, SCF NIE KONWERTUJE”. Czy w moim kodzie wejściowym jest błąd? 

   $ CONTRL SCFTYP = RHF RUNTYP = OPTIMIZE MAXIT = 100 MULT = 1 COORD = UNIQUE NOSYM = 1 $  END  $ BASIS GBASIS = PM6 $  END  $ DATA THIOUREAC1C 6 -0.000001 -0.216235 -0.000006N 7-1.149850 -0,964256 -0,062205N 7 1,149844 -0,964254 0,062165S 16 0,000003 1,474558 -0,000003C 6 -2,468377 -0,327323 0,016251C 6 2,468378 -0,327328 -0,016221H 1 -3,255938 -1,092284 -0,077195H0,327323 0,016251C 6 2,468378 -0,327328 -0,016221H 1 -3,255938 -1,092284 -0,077195H0,30,60,60,60,60 -0,70,96 0,970441H 1 3,255932 -1,092302 0,077168H 1 2,599974 0,405143 0,806581H 1 2,609108 0,216419 -0,970372H 1 -1,133325 -1,963288 0,067490H 1 1,133319 -1,963297 -0,067428 $  END
W takich przypadkach pierwszą rzeczą do zrobienia może być zwiększenie liczby cykli SCF, więc spróbuj MAXIT = 150 i zobacz, co się stanie.
Nie znam GAMESS, ale upewnij się, że poprawnie wybrałeś metodę.Sprawdź również wizualnie geometrię wejściową i rozważ przejście na inną metodę.Może wiązanie C-S jest źle opisane w PM6.
Nie mogłem znaleźć żadnych wskazówek, że pm6 jest rzeczywiście dostępne w GAMESS.Może spróbuj pm3 i zobacz, czy to działa.Myślę, że pm6 byłoby dobrze dla cząsteczki, prawdopodobnie pm3 też.Jeśli potrzebujesz pm6, może być konieczne wypróbowanie innego kodu ESS.
Spędziłem wczoraj trochę czasu próbując tego na WebMo (nie mam lokalnych instalacji GAMESS na systemie operacyjnym, nad którym teraz pracuję) i nawet jeśli nie znam GAMESS, wygląda na to, że z jakiegoś dziwnego powodu PM6 tego nie lubicząsteczka (zwiększona optymalizacja i cykle scf, zmodyfikowane kryteria konwergencji).O ile dobrze pamiętam, w każdym razie działało z PM3.
Uważam, że problem musi leżeć w GAMESS.Właśnie przeprowadziłem optymalizację za pomocą Gaussa 16 B.01 i pm6, co wygląda tak, jakbyś się tego spodziewał.(cc @The_Vinz) Czy mógłbyś podać używaną wersję.Czy próbowałeś innych cząsteczek;czy oni działali?Może dobrym wyborem do lokalizacji problemu byłby mocznik, CS2 / CS, może problem leży w tym.Zobaczę, czy uda mi się uruchomić GAMESS, a potem mogę spróbować ponownie.
Jeden odpowiedź:
Martin - マーチン
2019-07-23 19:02:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

TL; DR: PM6 działa tylko dla pierwiastków do fluoru w GAMESS.

Bawiłem się wersją GAMESS zainstalowaną w naszym klastrze, starożytnym 5 grudnia 2014 (R1) i doszedłem do wniosku, że musi być 'błąd' w implementacji PM6 z GAMESS. (Powtórzyłem problem z 20 kwietnia 2017 r. (R1) ; pobrałem też 30 czerwca 2019 r. (R1) , ale nie spróbuję tego, ponieważ myślę, że wynik jest taki sam.) Kiedy wypróbowałem to z Gaussian 16 Rev. B.01 na poziomie teorii PM6, zbiegło się dobrze.

Właściwie przejrzałem dokumentację i wydaje się, że oficjalnie nie jest obsługiwane (z INTRO.DOC):

  Możliwości [...] 3. Oblicza półempiryczne modele MNDO, AM1 lub PM3 przy użyciu RHF, Funkcje falowe UHF, ROHF lub GVB. [...]

Lub z INPUT.DOC:

  * * * semiempirical zestawy bazowe * * * GBASIS = MNDO - wybiera model MNDO Hamiltonian = AM1 - wybiera model AM1 Hamiltonian = PM3 - wybiera model PM3 Hamiltonian = RM1 - wybiera model RM1 Hamiltonian = DFTB - wybiera model ściśle wiążący Hamiltonian

Jestem prawie pewien, że błąd jest związany z siarką. Wypróbowałem kilka cząsteczek, wśród nich $ \ ce {H3C-NH2} $ , $ \ ce {(H3C) 2NH} $ , $ \ ce {(H3C) 2CO} $ (patrz dane wejściowe poniżej), mocznik, który zbiegał się w porządku. Za każdym razem, gdy próbowałem cząsteczki zawierającej siarkę, SCF wydawał się oscylować. Przetestowałem $ \ ce {CS2} $ , $ \ ce {SO2} $ , $ \ ce {(H3C) 2CS} $ i (oczywiście) tiomocznik. (Z PM3 wszystko działało dobrze.)

Domyślam się, że po prostu nie dokończyli implementacji. Możesz wysłać zgłoszenie do pomocy technicznej na GitHub: problemy. Znalazłem artykuł (tutaj znanego) Jana Jensena z 2013 r .: Status projektu: PM6 i PCM w GAMESS. A potem od 2014: PM6, DFTB, GAMESS, projektowanie enzymów, wiązanie białko-ligand i walidacja struktury białka. Na tym poprzestałem.

Polecam użycie innego programu, oczywistym wyborem byłby MOPAC ( http://openmopac.net/). Zaimplementował go Gaussian i prawdopodobnie kilka innych. Lub przełączysz się na zupełnie inną metodę, taką jak xtb, HF-3c (w ORCA), DFTB (np. DFTB +) itd. W zależności w zależności od rozmiaru systemu, prawdopodobnie możesz również wykonać obliczenia oparte na DFT.

Tutaj jest też coś związanego: szybki kurs GAMESS? 

   $ CONTRL SCFTYP = RHF RUNTYP = OPTIMIZE MAXIT = 100 MULT = 1 COORD = UNIQUE NOSYM = 1 $  END  $ BASIS GBASIS = PM6 $  END  $ DATA C3H6OC1CARBON 6,0 0,156332162 -0,059231571 0,417752882OXYGEN 8,0 1.200569512 -0,535604279 0,831319560CARBON 6,0 0,156332162 -0,059231571 0,417752882OXYGEN 8,0 1.200569512 -0,535604279 0,831319560 CARBON 6,0 -0,037914597 1,4625835G-385 -0,30,65 -340Y5 -0,30,40 -6254609 -0,2625460 -0,30,46255304 -0,30,65 -360940-E60-A-398-A-398-A-035-A-398-A-398-G-385-G-385 0,481697509 WODÓR 1,0 0,545018653 1,982387227 1,112307247 WĘGLO 6,0 -1,053925162 -0,882111362 -0,061565447 HYDROGEN 1,0 -0,987243509 -1,102851552 -1,132983096 HYDROGEN 1,0 -1,121341433 -1,838731138 0,468944868 HYDROGEN 1,0 -1,993938204 -0,344384630 0,106761952 $  KONIEC


ⓘ
To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 4.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...