Pytanie:
Problem z obliczeniami Gaussa - wartości maksymalnego cyklu dla Opt i SCF
Ricardo Moreno
2016-09-01 23:04:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Próbowałem obliczyć pionowe potencjały jonizacji ( IP ) i powinowactwa elektronów ( EA ) dla grupy pochodnych prostaglandyn (23-25 ​​ciężkich atomów). Moja konfiguracja obliczeń w Gaussian09 wygląda głównie tak: 

 # opt = (tight, maxcycle = 1000) freq = noraman cphf = noread b3lyp / 6-31g (d) geom = connectivity integra = grid = ultrafine scf = maxcycle = 1000

Jak możesz się domyślić, zmagałem się ze zbieżnością geometrii i znalezieniem stacjonarnego punktu dla moich cząsteczek. Niektórzy byli trochę uparci i nie chcieli się zbiegać, więc w desperacji zwiększyłem wartości Maxcycle dla Opt i SCF z 1000 do 5000 , a niektóre z nich mi się udało. Teraz moje pytanie brzmi, czy muszę przeliczyć wszystkie inne prostaglandyny, które już ładnie zbiegły się z niższymi opcjami Opt (Maxcycle) lub SCF (Maxcycle) (użyłem ich w różnych kombinacje, takie jak 1000 , 3000 i 5000 )? Chodzi o to, że chcę móc obiektywnie porównać wartości IP i EA między różnymi pochodnymi.

Martwię się, ponieważ pamiętam, że ktoś powiedział mi, że gdybym wybrał opcję SCF = QC , musiałbym ponownie obliczyć cały zestaw cząsteczek z tą samą opcją słowa kluczowego. Jednak o ile wiem, SCF = QC jest jak istotna zmiana w konfiguracji, ponieważ wykorzystuje inny algorytm do obliczeń. Miejmy nadzieję, że zmiana wartości SCF (Maxcycle) nie jest aż tak dramatyczna, prawda? A co z SCF = Verytight - czy wymagałoby to przeliczenia wszystkiego, czy nie?

Inną rzeczą, która mnie niepokoi, jest Opt = Tight . A co jeśli zdecyduję się na Opt = Verytight . Czy musiałbym wtedy przeliczyć wszystkie cząsteczki przy tym samym ustawieniu?

I na koniec, co by było, gdybym zmienił Całka (grid = ultrafine) na Całka (grid = ultrafine, acc2e = 12) , co jest podobno najbardziej precyzyjnym podejściem?

Jeden odpowiedź:
ssavec
2016-09-02 00:14:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mieszasz dwa niezależne, ale nieco powiązane tematy.

Pierwsza to konwergencja SCF, tj. uzyskanie funkcji falowej. Ten krok jest niezbędny do wszelkich obliczeń, bez niego zawiesza się Gaussa. W przypadku dobrze zachowanych cząsteczek, jak najprawdopodobniej prostaglandyny (substancje organiczne), roztwór należy znaleźć szybko (cykle <30 SCF). Nie ma również znaczenia, który konwerter wybierzesz, tj. QC czy DIIS . To, jak "ciasny" zdecydujesz się na SCF, wpływa na energię końcową, ale tylko na liczbę cyfr (dokładność). SCF nie ma żadnej opcji „verytight”, zgodnie z instrukcją, tylko Conver=N.

Z drugiej strony, ustawienia całkowania i siatki mają wpływ na energie, więc wszystkie obliczenia muszą być wykonywane na tej samej siatce. Nie polecam zmiany ustawień acc2e , błąd jest pomijalny.

Jeśli chodzi o zbieżność geometrii, powinieneś uzyskać zoptymalizowaną geometrię w mniej niż 100 krokach dla rozsądnych systemów organicznych. Jeśli tak się nie stanie, coś jest zepsute w konfiguracji i powinieneś dokładniej przyjrzeć się problemowi. Zasadniczo nie można zbiegać geometrii do „ciasnej” bez wystarczającej dokładności SCF, a mianowicie ultradrobnej siatki, której teraz używasz.

Jak dobra była optymalizacja, można odgadnąć na podstawie częstotliwości, które być zerem (translacje i obroty). Jeśli są znacznie wyłączone, ściślej zoptymalizuj geometrię. Ale jak wspomniano powyżej, nie można optymalizować na hałaśliwej powierzchni, gdzie hałas jest wytwarzany przez sieć i konwergencję SCF.

Dziękuję @ssavec. Najważniejsze jest to, że mogę przełączać się między Opt = Tight lub Opt = Verytight, a także zmieniać wartości Opt (Maxcycle). To samo dotyczy ustawień SCF. Powinienem jednak zachować zgodność z ustawieniami Intergral (Grid). Jeszcze jedno, jeśli chcesz. Czy mogę zmienić wyżej wymienione opcje, wykonując zadanie częstotliwości dla neutralnej cząsteczki, a następnie dla jej jonu? Wiesz, co mam na myśli, chciałbym przejść wyżej z parametrami obliczającymi neutralną cząsteczkę, która musi się zbiegać, i poluzować je trochę dla jonów, które nie muszą zbiegać się do obliczenia energii pionowej.


ⓘ
To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...