Pytanie:
Definiowanie i testowanie niestandardowych funkcji DFT?
beangoben
2014-01-29 01:44:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Co to jest dobre i darmowe oprogramowanie do tego przedsięwzięcia? Jakieś zalecane artykuły na ten temat? Chcę zaprojektować funkcjonały dft, wypróbować różne parametryzacje i zoptymalizować stałe mieszania pod kątem wymiany i wkładu korelacji dla określonych zestawów danych. Nawet dodaj energię perturbacji PT2 do miksu, jeśli to możliwe.

Znam opcje funkcjonalne zdefiniowane przez użytkownika Gaussa, ale chciałbym mieć nieco większą kontrolę nad parametrami i wkładami, zamiast tylko 6 parametrów.

Możesz przeczytać więcej na temat [pracy Dona Truhlara] (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct0502763). Zwróć także uwagę na niektóre [współczesne odmiany tego tematu] (http://arxiv.org/abs/1112.5441).
Cztery odpowiedzi:
Aesin
2014-01-29 02:43:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

W zależności od tego, czego szukasz, możesz chcieć poszukać programów używających libxc, aby móc całkowicie zdefiniować własne funkcjonały.

Z sekcji libxc w Octopus wiki, są to między innymi:

  • Abinit - kod falowo-samolotowy
  • APE - atomowy kod
  • Atomistix ToolKit - numeryczny kod orbitali
  • AtomPAW - generator funkcji fali rozszerzonej projektora
  • BigDFT - kod falkowy
  • CP2K - program do wykonywania atomistycznych i molekularnych symulacji układów ciała stałego, cieczy, molekularnych i biologicznych.
  • DP - Właściwości dielektryczne, kod TDDFT odpowiedzi liniowej
  • Ełk - kod FP-LAPW
  • ERKALE - kod molekularnej struktury elektronowej DFT / HF na podstawie orbitali Gaussa
  • ekscytujący - kod FP-LAPW
  • GPAW - metoda fali wspomaganej projektorem oparta na siatce
  • JDFTx - kod fali płaskiej zaprojektowany dla Joint Density Teoria funkcjonalna
  • MOLGW - mały, ale dokładny kod MBPT dla cząsteczek
  • ośmiornica - DFT w przestrzeni rzeczywistej (TD) code
  • Yambo - kod do obliczeń wielociałowych w fizyce ciała stałego i molekularnego

Mówiąc bardziej osobiście, to tylko moja opinia, jeśli mieszasz dowolnie funkcjonały, naprawdę powinieneś upewnić się, że masz naukowe uzasadnienie, aby to zrobić, w przeciwnym razie po prostu generujesz liczby bez podstawy.

Dzięki Aesin, te zasoby były tym, czego szukałem. Używałem Octopusa już wcześniej i działa naprawdę dobrze. Całkowicie zgadzam się z Twoim stanowiskiem dotyczącym „liczb bez podstaw”.
@Aesin Nawet jeśli nie łączysz funkcji dopasowanych do siebie, bez względu na to, co robisz, metoda DFT powinna zawsze być skalibrowana przed uruchomieniem. Oczywiście nie każdy może zaimplementować rygorystyczne metody funkcji falowych (np. CCSD (T)), ale nieskalibrowany DFT jest ogólnie złą nauką.
@LordStryker: Nieco się z tym nie zgadzam: jeśli rozumiesz pochodzenie funkcji i parametrów używanych w twoim funkcjonale, jak odnoszą się one do twojego symulowanego systemu i jesteś świadomy oczywistych możliwych źródeł ograniczeń, myślę, że kalibracja nie zawsze jest konieczna. Pomocny tak i dobry pomysł, ale niekonieczny. Myślę, że są to dwa sposoby podejścia do weryfikacji funkcjonalnej: dopasowanie empiryczne i teoretyczne.
@Aesin To zależy, jak sądzę, od właściwości, którą próbujesz przeanalizować. W mojej pracy DFT poradził sobie dobrze z jakościowym odtwarzaniem energetyki niekowalencyjnych oddziaływań między słabo związanymi klastrami (szczególnie z ostatnimi schematami korekcji dyspersji Grimme). Istnieje jednak ** poważna ** różnica zdań z Hesjanami wynikającymi z (większości) wdrożonych metod DFT i Hesjanami z teorii funkcji falowej. W każdym przypadku nie udało się osiągnąć doskonałej zgodności.
@LordStryker: Hah, tak, w tym przypadku powiedziałbym „oczywiste możliwe źródła ograniczeń” -> „Typowe formy KS-DFT są w tym naprawdę kiepskie”.
user3786990
2014-07-31 01:11:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeśli próbujesz zmodyfikować kod źródłowy i uruchomisz zadania DFT, masz w zasadzie tylko trzy opcje:

  1. PSI4 (bardzo potężne , napisane w językach C i Fortran)

  2. NWChem (bardzo potężny i szybki)

  3. GAMESS (trochę szybka, w pełni napisane w FORTRAN)

Jeśli chcesz bawić się kodami i dostosowywać je według własnego uznania, nie martwiąc się o szybkość i poziom optymalizacji, musisz spróbować PyQuante . Niedawno dodali w nim kody DFT i MP2, więc będzie Ci łatwo grać. Nie trzeba dodawać, że działa powoli, ponieważ górna warstwa jest napisana w Pythonie, podczas gdy warstwy wewnętrzne są napisane w C i FORTRAN. Myślę, że spodoba ci się gra z nim!

Klaus-Dieter Warzecha
2014-01-29 02:13:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Skoro wspomniałeś o „darmowej”, może zechcesz rzucić okiem na GAMESS grupy Gordon.

Naprawdę nie mam pojęcia, czy nadaje się do tego zadania, ale ostatnio sprawdziłem, czy jest darmowy do użytku akademickiego.

Oczywiście jest Turbomole, ale według starego wątku na forum z 2007 roku, oni też nie lubili wtedy niestandardowych funkcji. Wypowiedź jednego z deweloperów i tak może być warta przeczytania.

Dzięki! Używam GAMESS intensywnie, ale nie mają łatwego sposobu na użycie niestandardowych funkcji DFT. Ich [plik pomocy] (http://myweb.liu.edu/~nmatsuna/gamess/input/DFT.html) opisuje tylko już utworzone funkcjonały.
shorku
2014-10-22 20:19:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Być może Molpro ma na to jeden z najłatwiejszych sposobów http://www.molpro.net/info/2012.1/doc/manual/node194.html, ale nie za darmo



ⓘ
To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...