O ile wiem, żadne oprogramowanie nie może tego zrobić od razu, ale przy odrobinie pracy powinno to być możliwe.

Użyj CYLview do utworzenia pliku povray, zmień atomy na żądany kolor i wyrenderuj to z Povray. Problem polega na tym, że współrzędne pliku xyz i povray nie są takie same. Ale o ile wiem, numeracja pozostaje taka sama. Więc jeśli trzeci atom w twoim xyz to:

  N -1.227679000 0,558365000 0,000000000  

trzecia sfera w pliku povray wyglądałaby tak:

  sfera {<-1.9762436, 0.9491377, 0.0000000> 0.2812500 pigment {kolor rgbt <0.4,0.4,1.0,0.00>} wykończenie {F_normal}  

Wszystko, co musisz zrobić, to zmienić tutaj kolor. Zautomatyzowanie tej zmiany koloru za pomocą kilku linii kodu powinno być również całkiem łatwe.

Więc możesz przejść od tego

do na przykład

po prostu zmieniając wartość koloru pokazaną powyżej na

  pigment {color rgbt <0.2,0.8,1.0,0.00>}  

W rzeczywistości jest to bardzo łatwe dzięki darmowemu oprogramowaniu do wizualizacji OVITO (www.ovito.org), w którym możesz oznaczać atomy kolorami zgodnie z dowolną właściwością cząstki, którą zaimportujesz ze swoją strukturą (jak w twoim przypadku częściowe opłaty) .

Po prostu zaimportuj plik .xyz z opłatami częściowymi dołączonymi jako dodatkowa kolumna. Podczas importu pliku możesz określić, która kolumna zawiera jakie informacje, np. pozycji lub opłat. Następnie użyj modyfikatora Color Coding i wybierz „Charge” jako „Input Property”. Oto odpowiedni wpis ręczny: http://www.ovito.org/manual/particles.modifiers.color_coding.html i przykład, jak by to wyglądało:

Mam nadzieję, że to pomoże!

W Avogadro v1.x można to łatwo zrobić. Dla każdego typu wyświetlacza można ustawić schemat kolorów, np. w oknie ustawień:

Następnie w oknie ustawień wybierasz schemat kolorów:

Voila, masz cząsteczkę zabarwioną ładunkami częściowymi:

Jeśli plik nie jest dostarczany z częściowymi opłatami, możesz je ustawić w widoku ⇒ Właściwości ⇒ Właściwości atomu:

Czy wypróbowałeś VMD łącze? Jest darmowy, aktualny, będzie działał z plikami w formacie .xyz i pozwoli ustawić opłatę (lub inną właściwość) jako cechę zależną od koloru. Oto przykład wykorzystujący koordynację wiązania (liczbę najbliższych sąsiadów) w krysztale (chociaż ładowana jest tylko powierzchnia, aby zachować pamięć)

Wiem, że prosiłeś o plik xyz, ale konwersja na plik mol2 nie stanowi problemu. Od tego momentu możesz to zrobić za pomocą Chimery.

Przykładową cząsteczkę z połączonego pytania w sekcji komentarzy do twojego pytania. Odpowiedni plik mol2 wyglądałby jakoś w ten sposób:

  @ <TRIPOS>MOLECULEbla2.xyz 78 84 0 0 0SMALLGASTEIGER @ <TRIPOS>ATOM 1 N -0,2152 -3,6116 1,0137 N.2 1 N80.90.26-N341-N342-1 -0. UNL1 -1,159281 3 H -1,0201 -4,5161 -1,2392 H 1 UNL1 0,451727 4 H 0,5924 -3,5332 3,4084 H 1 UNL1 0,466050 5 H 1,1383 -4,0685 -6,6623 H 1 UNL1 0,121348 6 ZN 1,0488 0,3616 1,4618 Zn 1 UNL 1 1,08 0,826 C.2 1 UNL1 0,885122 8 C 0,4171 1,4943 5,4556 C.ar 1 UNL1 -0,158259 9 C -0,1860 2,7336 5,4577 C.ar 1 UNL1 -0,038223 10 H -0,3201 3,1852 4,6583 H 1 UNL1 0,111225 11 N 3,0298 0,2152 1,0137 N.ar 1 UNL1 -0,989702 12 N 2,9780 0,9072 -1,2690 N.pl3 1 UNL1 -1,323792 13 H 2,1252 1,0201 -1-1 H 1 UNL1 0,552920 14 H 3,1082 -0,5924 3,4084 H 1 UNL1 0,599787 15 O 0,6110 1,4120 3,0769 O.3 1 UNL1 -0,805465 16 O 1,3256 -0,3161 4,2420 O.2 1 UNL1 -0,786727 17 C -0,8262 -0,2063 -9,1420 C 1 UNL1 0,932072 18 C -0,4171 -1,4943 -7,8689 C.ar 1 UNL1 -0,116686 19 C 0,1860 -2,7336 -7,8668 C.ar 1 UNL1 -0,092391
20 H           0.3201   -3.1852   -8.6663 H       1  UNL1         0.116237     21 O          -0.6110   -1.4120  -10.2476 O.co2   1  UNL1        -0.908737     22 O          -1.3256    0.3161   -9.0825 O.co2   1  UNL1        -0.838830     23 C          -0.4875   -3.0059   -0.1834 C.3     1  UNL1         1.029873     24 C           0.2178   -2.5742    1.7916 C.cat   1  UNL1         1.084450     25 N          -0.2869   -1.7042   -0.1394 N.3     1  UNL1        -0.556339     26 N           0.1740   -1.4213    1.1643 N.pl3   1  UNL1        -0.669532     27 H          -1.0626   -3.2357   -1.9987 H       1  UNL1         0.479136     28 N           0.5884   -2.7456    3.0646 N.pl3   1  UNL1        -1.219932     29 H           0.8222   -2.0668    3.5390 H       1  UNL1         0.535669     30 ZN         -1.0488   -0.3616   -1.4618 Zn      1  UNL1         1.115312     31 C          -0.8262   -0.8063   -4.1826 C.2     1  UNL1         0.930235     32 C          -0.4171   -1.4943   -5.4556 C.ar    1  UNL1        -0.165126     33 C           0.1860   -2.7336   -5.4577 C.ar    1  UNL1        -0.068129     34 H           0.3201   -3.1852   -4.6583 H       1  UNL1         0.125910     35 C          -3.6355   -0.4875    0.1834 C.ar    1  UNL1         1.112801     36 C          -4.0672    0.2178   -1.7916 C.ar    1  UNL1         1.089920     37 N          -4.9372   -0.2869    0.1394 N.ar    1  UNL1        -0.669012     38 N          -5.2201    0.1740   -1.1643 N.ar    1  UNL1        -0.683650     39 N          -3.0298   -0.2152   -1.0137 N.ar    1  UNL1        -1.010564     40 N          -2.9780   -0.9072    1.2690 N.pl3   1  UNL1        -1.379275     41 H          -3.4057   -1.0626    1.9987 H       1  UNL1         0.465316     42 H          -2.1252   -1.0201    1.2392 H       1  UNL1         0.591458     43 N          -3.8958    0.5884   -3.0646 N.pl3   1  UNL1        -1.359821     44 H          -4.5746    0.8222   -3.5390 H       1  UNL1         0.462374
45 H -3,1082 0,5924 -3,4084 H 1 UNL1 0,595021 46 O -0,6110 -1,4120 -3,0769 O.3 1 UNL1 -0,846291 47 O -1,3256 0,3161 -4,2420 O.2 1 UNL1 -0,789904 48 C 0,4875 3,0059 0,1834 C.3 1 UNL1 1,054807 49 C -0,2178 2,5742 -1,7916 C.cat 1 UNL1 1,079690 50 N 0,2869 1,7042 0,1394 N.3 1 UNL1 -0,596520 51 N -0,1740 1,4213 -1,1643 N.pl3 1 UNL1 -0,651619 52 N 0,2152 3,6116 -1,0137 N.2 1 UNL1 -0,982105 53 N 0,9072 3,6634 1,2690 N.3 1 UNL1 -1,153898 54 H 1,0626 3,2357 1,9987 H 1 UNL1 0,472248 55 H 1,0201 4,5161 1,2392 H 1 UNL1 0,448303 56 N -0,5884 2,7456 -3,0646 N.pl3 1 UNL1 - -1,1927 0,8222 2,0668 -3,5390 H 1 UNL1 0,511494 58 H -0,5924 3,5332 -3,4084 H 1 UNL1 0,458606 59 C 0,50990 -3,3114 -6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,253677 60 C -0,7385 -0,8939 -6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,060650 61 H -1,1769 -0,0744 H 1 UNL1 0,135692 62 C 0,8262 0,8063 9,1420 C.2 1 UNL1 0,921571 63 C 0,4171 1,4943 7,8689 C.ar 1 UNL1 -0,136263 64 C -0,1860 2,7336 7,8668 C.ar 1 UNL1 -0,033469 65 H -0,3201 3,1852 8,6663 H 1 UNL1 0,092 66 O 0,6110 1,4120 10,2477 O.co2 1 UNL1 -0,900753 67 O 1,3256 -0,3161 9,0825 O.co2 1 UNL1 -0,836472 68 C -0,5990 3,3114 6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,299314 69 H -1,1383 4,0685 6,6623 H 1 UNL1 0,134
70 C 0,7385 0,8939 6,6623 C.ar 1 UNL1 -0,048643 71 H 1,1769 0,0744 6,6623 H 1 UNL1 0,130420 72 C 3,6355 0,4875 -0,1834 C.ar 1 UNL1 1,071205 73 C 4,0672 -0,2178 1,7916 C.ar 1 UNL1 1,085316 74 - 4,93 0,28 0,1394 N.ar 1 UNL1 -0,660949 75 N 5,2201 -0,1740 1,1643 N.ar 1 UNL1 -0,672967 76 H 3,4057 1,0626 -1,9987 H 1 UNL1 0,459743 77 N 3,8958 -0,5884 3,0646 N.pl3 1 UNL1 -1,356568 78 H 4,5746 -0,8222 3,5390 H 1 UNL1 0,457166@< TRIPOS> BOND 1 21 17 ar 2 17 22 ar 3 17 18 1 4 20 19 1 5 18 19 ar 6 18 60 ar 7 19 59 ar 8 5 59 1 9 61 60 1 10 60 32 ar 11 59 33 ar 12 33 32 ar 13 33 34 1 14 32 31 1 15 47 31 2 16 31 46 1 17 57 56 1 18 44 43 1 19 45 43 1 20 58 56 1 21 56 49 1 22 43 36 1 23 76 12 1 24 27 2 1 25 49 51 1 26 49 52 2 27 36 38 ar 28 36 39 ar 29 2 3 1 30 2 23 1 31 12 13 1 32 12 72 1 33 38 37 ar 34 51 50 1 35 39 35 36 52 48 1 37 72 74 ar 38 72 11 ar 39 23 25 1 40 23 1 1 41 74 75 ar 42 25 26 1 43 50 48 1 44 37 35 ar 45 35 40 1 46 48 53 1 47 11 73 ar 48 1 24 2 49 26 24 1 50 75 73 ar 51 42 40 1 52 55 53 1 53 53 54 1 54 40 41 1
55 24 28 1 56 73 77 1 57 28 4 1 58 28 29 1 59 77 14 1 60 77 78 1 61 15 7 1 62 7 16 2 63 7 8 1 64 10 9 1 65 8 9 ar 66 8 70 ar 67 9 68 ar 68 68 69 1 69 68 64 ar 70 70 71 1 71 70 63 ar 72 64 63 ar 73 64 65 1 74 63 62 1 75 67 62 ar 76 62 66 ar  

We otwórz go za pomocą chimery, a następnie wybierz Narzędzia > Przedstawienie > Renderuj według atrybutu , wybierz atrybut, który ma być obciążony i kliknij Zastosuj . W rezultacie powstaje struktura pokolorowana ładunkami cząstkowymi.