Pytanie:
Co się stanie, jeśli długość polimeru jest równa długości jego trwałości?
Breaking Bioinformatics
2015-06-01 23:24:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zajmowałem się więc chemią polimerów, aby modelować pękające polimery na potrzeby modelu biologicznego i byłem nieco zaskoczony koncepcją długości trwałości.

Wiem, że jeśli polimer jest znacznie dłuższy niż jego trwałość, należy go traktować tak, jakby końce były całkowicie niezależne od siebie dzięki fluktuacjom termicznym, które go wyginają (analogia, którą mam, to traktowanie polimeru jak kawałka ugotowanego spaghetti). Jeśli modeluję polimer w ten sposób, muszę użyć słów „trójwymiarowy spacer losowy”, aby opisać jego kształt matematycznie.

Wiem również, że jeśli polimer jest znacznie krótszy niż długość jego trwałości, może należy traktować jak sztywny pręt, który może być nieco wygięty, jak stalowy pręt. Jest to znacznie łatwiejsze do modelowania: mogę po prostu traktować to jako linię / łuk, która porusza się w przestrzeni jako pojedynczą cząstkę.

Ale co się stanie, jeśli długość polimeru jest prawie równa długości jego trwałości? Jak zatem można modelować polimer? Co to dokładnie oznacza dla ruchu polimeru?

EDYCJA: Debatowałem nad zaletami traktowania go jak giętkiego pręta (jak przykład znacznie krótszego niż trwałość) i nazywam go dobrym tylko dlatego, że uproszczenia modelu. Jeśli to zrobię, jak odejdę od rzeczywistości?

EDIT2: Prowadziłem dalsze badania i znalazłem coś, co nazywa się modelem „łańcucha podobnego do robaka”. Nie rozumiem, co to oznacza dla włókna, i mam problem ze zrozumieniem, jak światłowód porusza się z intuicyjnej perspektywy; wizualizacja pokazująca, jak powinienem to traktować, nie działa, a wizualizacja bardzo pomogłaby w rzeczywistym modelowaniu pozostałych równań, których potrzebuję.

Czy możesz nam podać więcej informacji na temat specyfiki modelu, który chcesz opracować? Czy jest to na przykład model obliczeniowy (taki jak symulacja) czy model matematyczny? Długość trwałości jest właściwością określoną statystycznie, a więc jest zwykle ważna i znacząca tylko w modelach statystycznych. Gdy długość łańcucha jest znacznie dłuższa lub krótsza niż długość trwałości, efektem jest zwykle to, że jeden lub drugi składnik wypadnie z równania. Jeśli są mniej więcej równe, żaden z nich nie wypadnie.
Model jest statystyczny, a problem, jaki mam, polega na tym, że wiem, że długość mojego polimeru jest prawie równa długości jego trwałości. Staram się dokładniej zrozumieć, co to oznacza, aby uzyskać bardziej szczegółowy model fragmentacji polimeru.
Powinieneś przeczytać https://en.wikipedia.org/wiki/Persistence_length - spaghetti nie jest nawet bliskie swojej trwałości.
Wikipedia odnosi się do niegotowanego spaghetti.
Jeśli moja odpowiedź nie daje wystarczających informacji, możesz również wypróbować Polymer Physics autorstwa Rubinsteina i Colby'ego, aby zapoznać się ze statystykami polimerów, lub The Theory of Polymer Dynamics autorstwa Doi i Edwards, aby uzyskać bardziej szczegółowy i kompletny przegląd.
Jeden odpowiedź:
thomij
2015-06-06 02:41:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Długość trwałości jest właściwością zdefiniowaną statystycznie - innymi słowy, jest definiowana poprzez badanie wielu długości wielu cząsteczek polimeru w długim okresie. Jest to długość (L), przy której wektor narysowany stycznie do polimeru nie jest już skorelowany w przestrzeni z innym wektorem stycznym w odległości (L). Innymi słowy, mówi ci, jak dobrze położenie jednej sekcji polimeru jest skorelowane z inną sekcją. Poza długością trwałości nie spodziewałbyś się znaleźć żadnej korelacji. Poniżej można by się spodziewać korelacji.

W tym przypadku „korelacje” są mierzone przez cosinus kąta między dwoma wektorami. Gdy kąt wynosi średnio 90 stopni, cosinus wynosi zero, a gdy wynosi zero stopni, cosinus wynosi 1. Tak więc dla długości przekraczających długość trwałości wielkość korelacji wynosi zero, a dla długości znacznie mniejszych niż trwałość długość ilość korelacji wynosi jeden. Dla długości zbliżonych do długości trwałości korelacja wynosi od 0 do 1.

Aby dać ci wyobrażenie, jak to działa, spójrz na następujące ilustracje:

Tangent vectors on a polymer chain.

Czerwone linie reprezentują wektory styczne wzdłuż szkieletu łańcucha polimeru, rozmieszczone w regularnych odstępach. Możemy przetłumaczyć wszystkie te wektory i umieścić ich początek w tym samym punkcie, a następnie znaleźć kąt między nimi:

Tangent vectors translated to share an origin.

Jeśli znajdziemy inny łańcuch polimerowy lub obejrzymy ten na chwilę, a następnie zrób kolejne „zdjęcie” i zrób to samo, zamiast tego możemy otrzymać coś, co wygląda tak:

Another set of tangent vectors, translated to share an origin.

Możemy nawet weź ten sam bardzo długi łańcuch i znajdź wszystkie wektory, które są oddalone od siebie o 1, 2 i tak dalej. Jeśli zrobimy to dla wszystkich możliwych odległości na setkach cząsteczek polimeru i średnio z wielu migawek przez bardzo długi czas (od nano- do mikro-sekund dla stopu lub czegoś w roztworze), ostatecznie znajdziemy coś takiego:

Ensemble average of tangent vectors, translated to share an origin.

Korelacje zanikają szybko wraz z długością, a następnie wolniej, aż w końcu są całkowicie nieskorelowane.

Ważne jest, aby zdać sobie sprawę, że w dowolnym momencie, dla dowolnego polimeru, wektory styczne mogą być prawie wszystkim. Nie spodziewałbyś się, że dwa sąsiednie wiązania będą miały bardzo mały kąt między nimi i generalnie spodziewałbyś się większej elastyczności na dłuższych łańcuchach w porównaniu do krótszych, ale nie byłbyś w stanie przewidzieć kształtu lub kątów w żadnym stopniu pewności, poza stwierdzeniem, że średnio poza długością trwałości wektory styczne nie byłyby skorelowane, a wielkość korelacji zmniejszyłaby się wykładniczo wraz z długością.

Podane przez Ciebie przykłady sztywnego pręta vs. gotowane spaghetti mają na celu zademonstrowanie tego intuicyjnie, ale twoje pytanie dotyczy tego, co się dzieje, gdy długość trwałości i sam polimer są tej samej długości. Odpowiedź jest taka, że ​​polimer będzie gdzieś pomiędzy bardzo elastycznym kawałkiem ugotowanego spaghetti a sztywnym prętem. Wyobraź sobie, że bierzesz kawałek spaghetti i zginasz go w pętlę, ale nie na tyle, żeby pękło. Obwód 1/4 pętli byłby czymś w rodzaju długości trwałości, a reakcja spaghetti w pętli byłaby podobna do polimeru, który ma mniej więcej taką samą długość jak długość trwałości. Należy jednak pamiętać, że polimery są w ciągłym ruchu, więc „elastyczne pręciki” i „gotowane spaghetti” nie są po pierwsze świetnymi analogiami. Bardziej realistycznie jest myśleć o nich jako o nieustannie wijących się robakach lub czymś w tym rodzaju. Statystyczne opisy długości i czasów korelacji są niestety najlepsze.

Inną koncepcją, która może pomóc w wizualizacji tego zjawiska, jest długość Kuhna - jest to dwukrotność długości trwałości i jest to długość, na której odcinki polimeru są nieskorelowane ze sobą w przestrzeni. W praktyce oznacza to, że ruch polimeru na długości Kuhna nie ma znaczenia dla ruchu całego łańcucha. Na dużą skalę liczy się ruch „plamek” Kuhna. W twoim przypadku polimer jest mniej więcej tak długi, jak długość trwałości, co oznacza, że ​​stanowi połowę długości Kuhna. Oznacza to, że ruchy wzdłuż polimeru są skorelowane, więc nie możesz ich zignorować (jeśli są ważne dla twojego modelu).

W praktyce wszystko to oznacza, że ​​model prawdopodobnie będzie sprawiedliwy skomplikowane, ponieważ nie można uśrednić ani zignorować terminów, które można zignorować w żadnym z ekstremalnych przypadków.

Jeśli opublikujesz więcej szczegółów na temat swojego modelu, prawdopodobnie mógłbym podać bardziej szczegółowe informacje.

Główną konkretną rzeczą, którą próbuję znaleźć, jest sposób określenia, w jaki sposób polimer będzie się łukował: szczegółowo, czy jego części będą to robić częściowo niezależnie od innych części oraz statystycznie rozkład, ile stopni będzie miał każdy łuk.
Długość trwałości nie jest tak naprawdę związana z kątem łuku w sposób, o którym myślę, że masz na myśli. Nie jestem pewien, czy w ogóle istnieje dobrze zdefiniowana koncepcja kąta łuku dla polimerów - dynamika polimerów jest bardzo przypadkowa, a konformacja pojedynczego polimeru w dowolnym momencie może być dowolna, od liniowej do ściśle zwiniętej. Jak chcesz zdefiniować kąt łuku?
Kąt łuku byłby środkowym kątem okręgu teoretycznego, którego częścią byłby łuk: np. Ćwiartka koła byłaby łukiem 90 *.
Jak odwzorowałbyś szkielet polimeru na okrąg? Chodzi mi o to, w jakiej skali długości spodziewasz się znaleźć dwuwymiarowe łuki? Byłbym bardzo zaskoczony, gdybyś mógł zdefiniować łuk w dwóch wymiarach na więcej niż trzech wiązaniach kręgosłupa. W takim przypadku rozkład kątów łuku byłby taki sam, jak rozkład kąta dwuściennego. Pomogłoby to, gdybyś mógł wyjaśnić, jaką fizykę zamierza uchwycić twój model - mam wrażenie, że masz koncepcyjny obraz dynamiki polimerów to jest o wiele bardziej uporządkowane niż to, jak zachowują się w rzeczywistości.
Mam nadzieję, że uda mi się przynajmniej trochę uprościć model, mówiąc, że wszystkie zagięcia w polimerze są liniową kombinacją okrągłych łuków. To, co próbuję znaleźć, to w zasadzie zgrubny rozkład kątów tych elementów łukowych. Jeśli istnieje rozkład (nie tylko średnia, ale rzeczywisty rozkład) dla tych kątów, to byłoby to absolutnie idealne dla tego, czego szukam.
Kąt dwuścienny wskaże kąt między wektorami wiązania prowadzącymi do i z sąsiednich monomerów. Energie dwuedrali są publikowane dla większości popularnych polimerów. Minęło trochę czasu, więc jestem niejasny co do szczegółów, ale uważam, że można wygenerować rozkład prawdopodobieństwa dla kątów dwuściennych na podstawie ich energii i temperatury badanego układu, podobnie jak w przypadku rozkładu Boltzmanna. Pamiętaj, że są to trójwymiarowe i istnieje wiele innych czynników - więc to nadal nie odda zbytniej rzeczywistości i może być trudniejsze niż inne opcje.
Dziękuję ci bardzo, thomij. Wiem, że muszę wydawać się trochę szorstki, zadając cztery miliardy pytań oprócz oryginału, ale byłeś ogromną pomocą.


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...