Pytanie:
Tworzenie diagramów profili energetycznych do publikacji
pentavalentcarbon
2016-01-10 00:41:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Czy istnieje zautomatyzowane oprogramowanie do tworzenia diagramów profili energetycznych, takich jak te poniżej?

Można użyć czegoś takiego jak Illustrator lub Inkscape, ale tak nie jest t zautomatyzowane, są drogie (Illustrator), trudne w użyciu i nie byłyby praktyczne w przypadku niczego, co ma więcej niż tuzin poziomów energii. Te diagramy nie wyglądają, jakby były rysowane ręcznie, ale mogę się mylić.

Idealnie byłoby, gdyby były napisane w Pythonie, ale coś w LaTeX lub TikZ też by działało.

Mówiąc dokładniej, myślę, że to można by nieco poprawić.

Myślę, że przypominam sobie z jakiejś sesji czatu, że LordStryker pracował nad czymś takim, ale było to w początkowej fazie i nie wiem, czy to opublikował / wydał. Poza tym jeszcze czegoś takiego nie spotkałem. Wiem, że moi współpracownicy rysują je w programie Illustrator, wolę inkscape. Myślę, że można by wymyślić rozwiązanie w gnuplot, który jest w stanie wygenerować różne formaty wyjściowe. Osobiście wolę jednak tabele i, jeśli to konieczne, diagramy kropkowane. Wciąż +1.
Już wcześniej zrobiłem bardzo prymitywny ręcznie w gnuplot, próbując stworzyć diagram MO, ale liczyłem na coś bardziej "zautomatyzowanego" niż to (chociaż nadal wolałbym to od Inkscape, którego chcę uniknąć) . Coś podobnego właśnie zrobiłem w Keynote, co sprawia, że ​​jestem zbyt zależny od komputera Mac.
Właśnie znalazłem coś w mojej sekcji linków, co wygląda obiecująco. Daj mi znać, jeśli to pomogło. Ładne wykresy poziomu energii z rxnlvl - http://wp.me/ptBY1-2W
Jeśli nie jest to dokładnie to, czego szukałem, zdecydowanie mógłbym go zmodyfikować, aby pasował do własnego użytku. Wygląda świetnie, dzięki!
Czy wymyśliłeś coś odpowiedniego i łatwego w użyciu?
Nie; Zacząłem włamać się do projektu, z którym się łączyłeś, ale prawie natychmiast zatrzymałem się, ponieważ do niczego go nie potrzebowałem. Jeśli będzie jakiś postęp, opublikuję to jako odpowiedź.
Jeden odpowiedź:
G M
2017-01-24 15:15:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

PyEnergyDiagrams

Używam własnego skryptu. Opublikowałem to teraz na GitHub. Oto ostateczny wynik: enter image description here

Jest całkiem łatwy w użyciu, na GitHub readme tam to mały poradnik. Musisz utworzyć instancję klasy ED, a następnie dodać do niej poziomy energii.

  from energydiagram import EDdiagram = ED () diagram.add_level (0, 'Separated Reactants') diagram.add_level (-5,4, 'mlC1') diagram.add_level (-15,6, 'mlC2', 'last',) diagram.add_level (28,5, 'mTS1', color = 'g') diagram.add_level (-9,7, 'mCARB1' ) diagram.add_level (-19.8, 'mCARB2', 'last') diagram.add_level (20, 'mCARBX', 'last')  

Aby dodać linki między poziomami, możesz spójrz na identyfikatory poziomu, używając tego argumentu funkcji plot show_IDs=True:

  diagram.plot (show_IDs = True)  

enter image description here

A następnie możesz użyć:

  diagram.add_link (left_ID_levetobelinked, right_ID_levetobelinked)  

Eksport do pgf, pdf i svg

Możesz wyeksportować go po prostu zapisując wykres za pomocą przycisku GUI lub programowo w różnych formatach dla publikacji za pomocą zaplecza matplotlib. Wolę wyeksportować wykres do .pgf , a następnie importuję go do dokumentu LaTeX, co pozwala na pełną kontrolę nad czcionkami i wyglądem rysunku.

enter image description here

Aby uzyskać lepszą jakość, musisz trochę zmienić automatycznie generowany plik .pgf.

Pierwszą rzeczą, którą musisz zrobić, jest znalezienie i zastąpienie - na -.

Później możesz postępować zgodnie z procedurą opisaną w tej odpowiedzi, aby czcionka rysunku była zgodna z rozmiarem czcionki i typem dokumentu.

Wow, to wygląda świetnie! Czy można wyeksportować obraz również do formatu SVG lub PDF?
@Martin- マ ー チ ン Tak, możesz to bardzo proste. Ale jeśli używasz lateksu, sugerowałbym użycie pgf, abyś mógł później zmodyfikować swoją figurę.
Nie mam doświadczenia z pgf, az Wikipedii wynika, że ​​jest to format pliku bitmapy. Chociaż nie używam już zbyt często LaTeX-a, nie widzę, jak mapa bitowa byłaby lepsza od obrazu wektorowego. Ale może to nie jest właściwe miejsce do dyskusji. Ale z pewnością przyjrzę się twojemu scenariuszowi.
@Martin- マ ー チ ン nie, to jest inny rodzaj pgf. Mam na myśli https://en.wikipedia.org/wiki/PGF/TikZ


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...