Pytanie:
Jak obliczyć punkt izoelektryczny aminokwasów o więcej niż dwóch pKa?
Andrew Wolf
2016-07-28 05:16:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dla większości aminokwasów $ \ mathrm {pI} $ jest po prostu średnią z aminokwasów i karboksylu $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ 's. Jednak dla tyrozyny i cysteiny, które mają więcej niż jedną $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $, ta zasada nie ma zastosowania.

Widzę, że dla tyrozyny jest to $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ grup karboksylowych i aminowych, które są uśredniane, ale dla cysteiny są to grupy karboksylowe i łańcuch boczny.

Nie byłem w stanie znaleźć wyjaśnienia, dlaczego tak jest lub jakie jest uzasadnienie tych obliczeń. Gdyby ktoś mógł mi tu pomóc, naprawdę bym to docenił.

Jeden odpowiedź:
orthocresol
2016-07-28 06:28:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ponieważ $ \ mathrm {pI} $ jest $ \ mathrm {pH} $, przy którym aminokwas nie ma całkowitego ładunku netto, musisz uśrednić wartości $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ związane z protonacją / deprotonowanie formularza bez opłaty netto . Oto równowagi kwasowo-zasadowe dla tyrozyny:

Tyr

Postać bez ładunku netto jest na czerwono (+1 i -1 anuluj nie daje żadnych opłat netto). Liczy się wartość $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ po obu stronach tego formularza (na niebiesko), stąd $ \ mathrm {pI} $ tyrozyny wynosi 5,66 $ (średnio 2,20 $ i 9,11 $).

Tak się składa, że ​​2,20 $ to karboksyl $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $, a 9,11 $ to amino $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $. Jeśli łańcuch boczny $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ był niższy niż 9,11 $, to zamiast tego powinieneś uśrednić karboksyl i łańcuch boczny $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $.

Ta sama logika ma zastosowanie do cysteiny ( wyszukaj wartości $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ i narysuj formy protonowane w różny sposób). Przekonasz się, że ponieważ łańcuch boczny ma niższą $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ niż grupa aminowa, uśredniasz karboksyl i łańcuch boczny $ \ mathrm pK_ \ mathrm a $ 's.

Ta procedura może oczywiście zostać rozszerzona na aminokwasy z kwasowymi łańcuchami bocznymi (kwas asparaginowy; kwas glutaminowy) oraz te z zasadowymi łańcuchami bocznymi (lizyna; arginina; histydyna).



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...