Niedawno przyjrzałem się tym dwóm publikacjom, w których analizowałem właściwości zmodyfikowanych zasad DNA (2-aminopuryny i 8-winylo-A) w stanie wzbudzonym i jak wpływa na nie łączenie z naturalnymi zasadami nukleinowymi:
- Jean, JM; Hall, K. B. Wygaszanie fluorescencji 2-aminopuryny i okresy życia: Rola układania zasad. Proceedings of the National Academy of Sciences 2001, 98 (1), 37–41 DOI: 10.1073 / pnas.98.1.37.
- Kenfack, CA; Burger, A .; Mély, Y. Właściwości stanu wzbudzonego i przejścia fluorescencyjnej 8-winylowej adenozyny w DNA. J. Fiz. Chem. B 2006, 110 (51), 26327–26336 DOI: 10.1021 / jp064388h.
Krótko mówiąc, autorzy rozważali dimery zawierające odpowiednią zmodyfikowaną zasadę i każdą z naturalnych zasad. Geometrie poszczególnych monomerów zoptymalizowano za pomocą MP2 / 6-31G (d, p), zachowując ich względne położenie w dimerze. Następnie autorzy zbadali właściwości stanu wzbudzonego za pomocą TDDFT (B3LYP / 6-311 + G (d)), aby zidentyfikować stany ciemne, które mogą wskazywać na wygaszanie fluorescencji zmodyfikowanych zasad.
Nie jestem ekspertem w chemii teoretycznej, więc zastanawiałem się, jak motywowano tutaj wybór metod. W szczególności, dlaczego do optymalizacji geometrii użyto MP2, a nie DFT? Czy ma to związek z lepszym opisem oddziaływań dyspersyjnych przez MP2?
Autorzy do obliczeń TDDFT wykorzystali zbiór bazowy 6-311 + G (d). Chcę wypróbować podobne obliczenia za pomocą ORCA. Zgodnie z podręcznikiem i zasobami online od twórców, zestawy podstawowe Ahlrich wydają się być preferowane w stosunku do zestawów podstawowych w stylu Pople. Czy mogę spodziewać się podobnej (lub lepszej / gorszej) dokładności z def2-TZVP? Jest również potrójnym zeta i zawiera funkcje polaryzacyjne na ciężkich atomach, ale brakuje mu funkcji dyfuzyjnych, które były obecne we wspomnianych powyżej badaniach. Czy i tak byłyby ważne w takim przypadku, gdyby badano tylko przejścia walencyjne?