Pytanie:
Długości wiązań węgiel-siarka; Efekty rezonansu (lub ich brak)
Dissenter
2014-10-22 19:07:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dlaczego wiązanie C-S w $ \ ce {CH_2SH ^ -} $ jest dłuższe niż w $ \ ce {CH_3SH} $? Czy w pierwszym nie byłoby rezonansu, zmuszającego wiązanie C-S do kurczenia się?

http://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/v75-431

enter image description here

enter image description here

A skoro już o tym mowa, czy są jakieś obliczenia / badania empiryczne inne niż ab initio dotyczące tego interesującego jonu tiolowego?

Z ciekawości, czym jest ten artykuł - czy możesz podać link DOI. Jestem ciekawy, jaki poziom teorii został opracowany. Naiwna jest myśl, że anion może mieć charakter trypletowy.
Będą również problemy z geometrią syn- / anty- (lub cis- / trans-) z $ \ ce {CH2SH -} $, które mogły nie być brane pod uwagę (tj. Podejrzewam, że każda forma będzie miała nieco inne długości wiązań .. zasadniczo ze względu na różnice w obrazie rezonansu wiązań podwójnych)
@GeoffHutchison czy nie po to masz asystentów? Przepraszamy, oto poprawny link: http://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/v75-431
Wow, to jest * starożytny * papier wykorzystujący zwykły papier Hartree-Fock. Może ktoś może zrobić tutaj zaktualizowane obliczenia.
I'm most interested in empirical calculations lol. Because if I show my prof this paper I will get an earful about computational chemists, ahem, I mean "chemists." That's just his POV though.
Jak mógłbyś to zmierzyć empirycznie? To znaczy, jak byłbyś w stanie wytworzyć anion węgla w obecności wolnego tiolu?
Faza gazowa @jerepierre? I utrzymuj koncentrację _bardzo_ niską. Nie sądzę, żeby węglowodan utworzył trójczłonowy pierścień i zjadł jego ogon.
Zaczynając od czego?
Na inny temat, czy możesz wyjaśnić, co Cię interesuje w tym związku?
Start from $\ce{H3CSH}$? You're right though I can't see what would selectively remove a methyl proton rather than a thiol proton. So are you saying it's impossible?
Dlaczego długość wiązania C-S anionu jest dłuższa niż długość wiązania C-S w obojętnym tiolu? Pomimo możliwości rezonansu.
Pozwól nam [kontynuować tę dyskusję na czacie] (http://chat.stackexchange.com/rooms/18083/discussion-between-jerepierre-and-dissenter).
W każdym razie @GeoffHutchison nie chcę cię urazić, jeśli nie było to jasne w moim poprzednim poście o tym, co myśli mój profesor. Tak myśli, nie ja. Osobiście chciałbym udowodnić, że mój profesor mylił się co do tendencji wiązania siarki (stąd to pytanie ...)
Dwa odpowiedzi:
Geoff Hutchison
2014-10-23 01:21:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Krótkie podsumowanie

publikacja w linku (z 1975 r.) jest prawdopodobnie błędna . Nieco nowsza praca ( J. Am. Chem. Soc., 1989, 111 (21), str. 8112-8115) sugeruje, że długości wiązań są prawie równe. Niektóre szybkie obliczenia (poniżej) przy użyciu wielu nowoczesnych metod sugerują, że zgodnie z oczekiwaniami długość obligacji CS w $ \ ce {CH2SH -} $ jest krótsza niż w $ \ ce {CH3SH} $.

W przypadku obu starszych prac wyniki obliczeń (przy użyciu podstawowego Hartree Focka) byłyby uważane za wysoce podejrzane w świetle współczesnej recenzji, ponieważ wiadomo, że Hartree Fock ma problemy z anionami. Z pewnością artykuł z 1975 roku nawet nie wspomina o zestawie podstawowym.

Jak widać poniżej, jest jasne, że wyniki zależą od metody, ale najlepsze metody, z rozsądnymi zestawami podstawowymi wskazują, że długość wiązania jest przynajmniej nieco krótsza z powodu częściowego znaku podwójnego wiązania.

Więcej szczegółów

Pierwszą rzeczą do rozważenia jest to, że to dwie formy $ \ ce {CH2SH -} $, syn i anti , oparte na orientacji anionu formalnie związanego z C i grupy SH:

formularz synchronizacji

syn-CH2SH- anion

formularz anty

anti-CH2SH- anion

Będą one miały różne długości wiązań, ponieważ forma anty będzie miała wkład struktur rezonansowych II i III z odpowiedzi Rona . Daje to charakter podwójnego wiązania i prawdopodobnie powinno mieć krótsze wiązanie, chociaż można również wywołać odpychanie elektrostatyczne.

Forma syn nie będzie miała wyraźnego efektu, ponieważ Wolna para anionów C i samotna para S znajdują się po przeciwnej stronie wiązania. Domyślam się, że długość obligacji jest mniej więcej taka sama jak $ \ ce {CH3SH} $.

Myślę, że jasne przesłanie jest takie, że możemy wyjaśnić wiele rzeczy, ale lepiej jest wiedzieć, czy nasze wyniki są dokładne, zanim spróbujesz je wyjaśnić.

W przypadku bardziej nowoczesnych metod obliczeniowych widzę, że forma syn ma podobną długość wiązania CS do $ \ ce {CH3SH} $, a forma anti jest nieco krótsza . Podejrzewam, że poprzedni wynik jest po prostu błędny . Obliczenia dotyczące anionów są trudne, ponieważ dodatkowy elektron jest zwykle silnie rozproszony. Spodziewam się, że podstawa była po prostu niewystarczająca.

Różnica energii między dwiema formami wynosi ~ 1 kcal / mol, więc eksperymentalnie będą one łatwo przekształcać się wzajemnie i można będzie zaobserwować średnią długość wiązania. Jak wspomniano w komentarzach, gatunek ten byłby prawdopodobnie trudny do zaobserwowania, nawet w fazie gazowej, ponieważ $ \ ce {CH3S -} $ jest bardziej stabilny.

Obliczone długości wiązań CS (w Å):

Dla wszystkich metod pełną optymalizację geometrii przeprowadzono za pomocą wskazanych metod. Uznałbym obliczenia CCSD za wysokiej jakości.

bond length table

Czy można zrobić -H2CSH
Bleh. Później zrobię lepszy stolik. Wystarczy powiedzieć, że wyniki są zależne od metody, a forma * syn * jest mniej więcej taka sama jak CH3SH. Później dam lepsze wyniki.
@GeoffHutchison Geoff, w wodzie dwie samotne pary hybrydyzują w różny sposób, jedna w większości p-orbital, a druga w mniej więcej sp-orbitalu. Jak traktujesz samotne pary w swoich obliczeniach?
@ron Są to obliczenia MO z pełną symetrią $ C_s $ dla anionu $ \ ce {CH2SH -} $, a zatem nie ma w tych obliczeniach pojęcia hybrydyzacji samotnych par.
Zastanawiam się nad różnicą energii między syn i anti. To nie może być dużo i najprawdopodobniej można to uznać za swobodną rotację, dlatego właściwe byłoby uśrednianie.
Różnica energii wydaje się wynosić ~ 1 kcal / mol niezależnie od metody, więc uśrednianie z pewnością byłoby właściwe. Jednak interesujące jest, że różnica w długości wiązania C-S jest czasami dość znacząca.
ron
2014-10-22 23:26:39 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Po pierwsze, różnica, o której mówimy, to tylko 0,074 A, zawsze trudno jest mieć pewność, co powoduje tak małe zmiany. To powiedziawszy ...

Zaskakuje mnie ilość ujemnego ładunku na atomie węgla w $ \ ce {CH3-SH} $ (-0,639); w rzeczywistości jest to więcej niż w odpowiednim anionie $ \ ce {CH2 ^ {-} - SH} $ (-0,620). Zwróć także uwagę na znacznie większy dodatni ładunek wodorów węglowych w $ \ ce {CH3-SH} $. Być może sugeruje to, że hiperkoniugowane struktury rezonansowe, takie jak I, są ważne w $ \ ce {CH3-SH} $. Spowodowałoby to skrócenie obligacji $ \ ce {C-S} $ na początku.

enter image description here

Następnie, w przypadku anionu, struktury rezonansowe II i III sugerują, że istnieje znaczny ładunek ujemny zarówno na węglu, jak i siarki, zgodnie z wysokim $ \ ce {q_ {b}} $ i $ \ ce {q_ {c}} $ wartości podane w Tabeli I (odpowiednio -0,620, -0,328). Znaczny ładunek ujemny zarówno na węglu, jak i siarki, w anionie, powoduje odpychanie kulombowskie i niewielkie wydłużenie wiązania węgiel-siarka, z nieco skróconej długości wiązania obserwowanej w związku obojętnym.

Czy możesz pomyśleć o tym, że możemy empirycznie zbadać ten jon tiolu?
Przeprowadziłbym obliczenia na odpowiednich tioeterach i sprawdziłbym, czy zachodzi ten sam wzorzec. Jeśli tak, anion powinien być dostępny z tioeteru.
Jak przeszedłbyś od tioeteru do tio-anionu? Wyobrażałbym sobie, że musiałbym przeciąć wiązanie S-R ... ale wtedy ... musielibyśmy przykleić proton w miejsce R, aby utworzyć S-H. Jak możemy selektywnie umieścić H na S, a nie na CH2 (-)? @ron
Nie umieszczamy protonu na S. Po prostu usunęlibyśmy proton z metylu w tioeteru, to wszystko, a wtedy mielibyśmy alfa karbanionu do siarki.
ale potem mamy metyl darczyńcy indukcyjnie, który utknął również po drugiej stronie siarki. To, o czym myślałem wcześniej z kimś, to jak zrobić -CH2SH, abyśmy mogli to zbadać empirycznie? Jakieś grupy zabezpieczające chroniące proton tiolu? Czy jest jakiś sposób, aby selektywnie umieścić proton z powrotem na S?
@Dissenter Dobrze, dlatego powiedziałem, że najpierw wykonam obliczenia, aby upewnić się, że efekt skracania nadal występuje w serii tioeteru.
czy możemy zrobić -CH2SH?
@Dissenter Mam na myśli CH3SCH3.
Rozumiem, jestem po prostu ciekawy, czy synteza anionu jest możliwa
W szczególności anion H2CSH, ponieważ wyraźnie wiesz więcej o grupach zabezpieczających. A może realia chemii kwasów i zasad są nieuniknione? Myślę, że mądra odpowiedź brzmiałaby tak, oczywiście, że możemy to zrobić, po prostu zjonizuj milion moli CH3SH i mam nadzieję, że prawdopodobieństwo jest na twoją korzyść!
@Dissenter Tak, podejrzewam, że mogłoby to powstać w fazie gazowej, ale zmieniłoby się bardzo szybko (jest tak z górki z CH2- do RS-), być może zbyt szybko, aby wykonać potrzebne pomiary.
Czy możemy zniszczyć jedną cząsteczkę w izolacji i mieć nadzieję na najlepsze?
Jest [artykuł] (http://dx.doi.org/10.1021/ja00203a007) sugerujący, że może być stabilny, ale nie znajduję żadnych manuskryptów na ten temat eksperymentalnie, z wyjątkiem fragmentacji specyfikacji masowej.
Dysydent zapytał: „Czy możemy zniszczyć jedną cząsteczkę w izolacji i mieć nadzieję na najlepsze?” Na tym polega eksperyment w fazie gazowej. Ale jak powiedziałem, przypuszczałem, że wewnątrzcząsteczkowe przesunięcie wodoru 1,2 z S do C byłoby zbyt szybkie, aby dać wystarczająco dużo czasu na zarejestrowanie widma mikrofalowego (w celu określenia długości wiązań) początkowo generowanego anionu węglowego. Jednak odniesienie @GeoffHutchison sugeruje, że dla przesunięcia wodoru w odpowiednim przypadku tlenu obliczono znaczną barierę (46 kcal / m). Myślę, że dlatego robimy eksperymenty.
@ron Przypuszczam nawet, że istnieje znaczny współczynnik tunelowania H w postaci * syn * (lub inwersja od * anti * do * syn *, po której następuje przesunięcie H). Więc zgadzam się, że byłoby to przynajmniej trudne. Niestety, mój ekspert od mikrofalówek kilka lat temu przeszedł na emeryturę, więc nie mogę o to zapytać.


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...